Las primeras banderas conocidas de Baréin eran de color rojo claro. En 1820, Baréin firmó un tratado marítimo general con el Imperio Británico, y como resultado, se agregó una franja blanca a la bandera para indicar el tratado y distinguirlo de las banderas comúnmente utilizadas por los piratas. En 1932, se agregó un borde dentado a la bandera para diferenciarla de las de sus vecinos.

La bandera originalmente tenía veintiocho puntos blancos, pero esto se redujo a ocho en 1972. El 14 de febrero de 2002, el número se redujo nuevamente a cinco, de modo que cada uno de los puntos podría representar uno de los Cinco Pilares del Islam.