Croacia estaba bajo el dominio húngaro a mediados del siglo XIX, pero los nacionalistas croatas intentaron rebelarse en 1848, momento en el que eligieron una bandera para simbolizar su causa. Los colores rojo-blanco-azul de la bandera se inspiraron en la bandera de la Rusia imperial, que era un oponente de Austria-Hungría y, por lo tanto, un potencial aliado croata.

Aunque los croatas no pudieron establecer su independencia en ese momento, la bandera siguió siendo un símbolo de aspiraciones para el futuro.  En abril de 1941, el fascista Ustaša aprovechó la invasión del Eje de Yugoslavia para proclamar el Estado Independiente de Croacia. A la vieja bandera roja-blanca-azul le agregó el escudo histórico de Croacia, un tablero de ajedrez rojo y blanco. El emblema del partido Ustaša también se introdujo en la esquina superior del polipasto de la bandera.