En la Edad Media, la bandera de Eslovaquia original consistía en dos rayas rojas y blancas.

La forma más antigua de la bandera de Eslovaquia se mantiene en el escudo de la ciudad de Nitra desde el período del rey Béla IV. (1235-1270). Era una doble cruz blanca sobre un fondo rojo.

La franja azul fue tomada de las banderas rusas y croatas: los rusos como mecenas de los eslavos, los croatas como una nación fraterna en Hungría.

Algunas de las banderas de 1848 (cuando Eslovaquia era parte del Reino de Hungría) también tenían el escudo de armas húngaro y, a menudo, el color superior se cambiaba a azul.