Las banderas originales de Filipinas fueron utilizadas por los líderes del movimiento revolucionario de Katipunan. La bandera original presentaba un campo rojo con tres letras K blancas para el nombre completo del Katipunan. Posteriormente se adoptó una nueva bandera con un sol blanco con el símbolo de «ka» en Baybayin. Hacia finales del siglo XIX, la bandera se modificó nuevamente para cambiar el símbolo del sol. Se eliminó el símbolo de «ka» y se colocó una cara en su lugar.

Fue a finales del siglo XIX cuando Emilio Aguinaldo ideó el concepto para el diseño de la bandera que se usa hoy en día. La bandera se exhibió por primera vez en 1898. Fue en 1899 cuando la bandera se voló por primera vez con el campo rojo hacia arriba para indicar que el país estaba en guerra con los Estados Unidos. En 1907, era ilegal enarbolar la bandera de Filipinas, pero esta ley fue derogada más tarde en 1919. En 1920, la bandera fue adoptada por ley.

La bandera fue prohibida nuevamente en 1941, pero fue restaurada en 1943. Con el paso de los años, el diseño de la bandera ha cambiado ligeramente, mientras que la bandera moderna enarbolada hoy fue adoptada en 1998.