Las banderas se usaron en Grecia durante muchos años, aunque no eran las banderas oficiales que vemos  hoy en día. Por lo general, los ejércitos usaban pancartas, emblemas y símbolos.

Una bandera utilizada por los bizantinos que data del siglo XIV es una de las primeras banderas descubiertas en esta zona.

Fue durante el período otomano que las banderas se hicieron más prominentes, aunque no había una bandera oficial. Muchos griegos optaron por usar la bandera bizantina con un águila bicéfala, santos y lemas.

Los diseños de bandera que se cree que son la inspiración para la bandera moderna de hoy se usaron antes del siglo XVIII. Por ejemplo, se sabe que la cruz azul en un campo blanco se usó durante el levantamiento de 1769. Durante los levantamientos, la cruz blanca en un campo azul también apareció en las banderas de los griegos y se usó como un símbolo local.

Fue durante el siglo XIX hasta los primeros días de la Guerra de Independencia griega cuando los líderes y consejos locales propusieron y utilizaron varias banderas. Fue en 1822 cuando el Gobierno Provisional diseñó el patrón exacto para una cruz que se utilizó como bandera naval. Esta bandera se usó desde 1822 hasta 1969 y nuevamente en 1975 hasta 1978. En 1978, la bandera oficial que todavía se usa hoy en día se convirtió en la única bandera nacional de Grecia.