En el siglo XVI, Guillermo I, príncipe de Orange, se convirtió en líder del movimiento de independencia holandés contra España. Basado en las armas de su ancestral territorio de Orange, Guillermo usó colores de librea de naranja, blanco y azul. En el asedio de Leiden en 1574, los soldados usaron esos colores en sus uniformes, y la popularidad de los colores entre los nacionalistas holandeses se extendió posteriormente. La provincia de Zelanda tenía colores similares: su bandera mostraba un león rojo que surgía de rayas azules y blancas que representaban el mar. La bandera holandesa en el mar después de 1577 era un tricolor horizontal naranja-blanco-azul, aunque nunca se adoptó oficialmente. Del mismo modo, nunca hubo ningún reconocimiento oficial dado al reemplazo del naranja por el rojo, una transformación completada en 1660. Fue un momento apropiado para omitir el naranja de la bandera, porque en 1654 un tratado de defensa entre los holandeses y los ingleses permanentemente excluido miembros de la casa de Orange por ser jefes de estado en los Países Bajos.

Después de su revolución en 1789, los franceses reconocieron el rojo, el blanco y el azul como los «colores de la libertad» y honraron a los Países Bajos por haberlos usado por primera vez en una bandera (ver Francia, bandera de). Los «patriotas» pro-franceses en los Países Bajos dieron el primer paso con respecto a una bandera nacional holandesa oficial cuando su República de Batavia legalizó el tricolor rojo-blanco-azul el 14 de febrero de 1796. Cuando el hermano de Napoleón, Luis, se convirtió en gobernante del Reino de Holanda en 1806, no se hizo ningún cambio en la bandera nacional. Los Países Bajos fueron anexionados por Francia desde 1810 hasta 1813, pero, después de que se recuperó la independencia, el nuevo Reino de los Países Bajos volvió a reconocer la bandera roja-blanca-azul. La bandera, reafirmada recientemente por un decreto real el 19 de febrero de 1937, ha inspirado el uso de los mismos colores en las banderas nacionales de otros países. A pesar de la similitud visual entre la bandera holandesa y la bandera de Luxemburgo, no existe una relación documentada entre los dos diseños.