Las primeras banderas registradas de Japón datan del siglo XVI. No había una bandera nacional oficial, y la mayoría de estas banderas en ese momento se usaron durante las batallas para identificar a los soldados. Fue a mediados del siglo XIX cuando se usó la bandera de Hinomaru en los barcos. Más tarde se designó como la bandera nacional en 1870 y siguió siendo la bandera oficial durante 15 años.

Cuando se abolieron las leyes en 1885 que ya no designaban al Hinomaru como la bandera nacional, seguía siendo la bandera de facto porque no se establecieron otras leyes para reemplazarla. A lo largo del siglo XX, el Hinomaru comenzó a usarse nuevamente para la celebración en desfiles y después de victorias de guerra. Después de la Segunda Guerra Mundial, se necesitaba permiso para enarbolar la bandera. Estas restricciones finalmente se levantaron en 1947, permitiendo que la bandera ondee en propiedad oficial del gobierno. En 1948, se permitió el uso de banderas durante los feriados nacionales y al año siguiente, todas las regulaciones se relajaron.

La bandera se hizo oficial en 1999 después de muchos años de debates morales sobre el uso de la bandera. Hoy en día, ha habido demandas y protestas por la bandera, y no se muestra con frecuencia debido a su asociación con el ultranacionalismo.