La tradición afirma que los colores de la bandera fueron entregados a Malta por Roger I de Sicilia en 1090. La flota de Roger desembarcó en Malta al término de la conquista normanda de Sicilia. Se dice que los cristianos locales se ofrecieron a luchar al lado de Roger contra los defensores árabes. Para reconocer a los lugareños que luchan a su lado de los defensores, Roger, según los informes, arrancó parte de su bandera roja y blanca a cuadros. Sin embargo, esta historia ha sido desacreditada como un mito del siglo XIX, posiblemente incluso antes debido a que Mdina, la antigua capital de Malta, asociaba sus colores con los de Roger a fines de la Edad Media.

La bandera de los Caballeros de Malta, una cruz blanca en un campo rojo, era una fuente más probable de los colores malteses, inspirando el escudo rojo y blanco utilizado durante el período colonial británico.