Históricamente, el azul se ha asociado con el pueblo mongol como símbolo de los cielos abiertos bajo los cuales viajaron por toda Asia Central. Mongolia también ha utilizado con frecuencia el amarillo en sus banderas, como símbolo de la Dge-lugs-pa (Secta Sombrero Amarillo del Budismo Tibetano), que se popularizó allí en el siglo XVI. En 1911, cuando se estableció por primera vez el estado mongol moderno, su bandera amarilla llevaba en el centro en azul un emblema tradicional conocido como soyombo (o soyonbo). Consiste en figuras (llama, sol, luna, yin-yang, triángulos y barras) que representan los principios filosóficos inherentes a la cultura y la religión de Mongolia. Debajo del soyombo había una flor de loto, símbolo de pureza.

En 1921, un gobierno comunista llegó al poder e introdujo la Bandera Roja, pero la bandera de 1911 fue restaurada en 1924. Durante la Segunda Guerra Mundial, Mongolia adoptó una bandera (1940–45) que se parecía a la de los estados miembros de la Unión Soviética y parecía que Mongolia era probable que se uniera. Sin embargo, en 1945, el soyombo de la bandera de 1924–40 se desplazó hacia el mástil y se representó en amarillo para una mayor visibilidad; el loto fue removido y, por encima del soyombo, se añadió la estrella comunista habitual. El fondo rojo fue reemplazado por barras iguales de rojo-azul-rojo, simbolizando el comunismo y el nacionalismo mongol. Esa bandera continuó en uso después del derrocamiento del régimen comunista hasta el 12 de febrero de 1992. El único cambio realizado en la bandera en ese momento fue la eliminación de la estrella amarilla de cinco puntas, que ya no reflejaba las realidades políticas.