Según la leyenda, en 1139 el conde Afonso Henriques obtuvo una victoria decisiva contra las fuerzas árabes en Ourique. Los cinco escudos que supuestamente arrebató de las manos de cinco reyes moros se reflejaron más tarde en los cinco escudos azules en su estandarte blanco. Cada escudo llevaba cinco discos blancos para las cinco heridas de Cristo, quien, según la tradición, apareció antes de la batalla y garantizó el éxito del conde. En el siglo XIII, el rey Afonso III añadió un borde rojo con castillos de oro al escudo como símbolo del vecino reino de Castilla; Esto pudo haber ocurrido en 1254, cuando se casó con Beatriz de Castilla (la hija ilegítima de Alfonso X) y organizó el traslado del territorio conocido como Algarve a Portugal.

Superados por una corona, esas armas aparecieron en muchas banderas portuguesas a lo largo de los siglos; por ejemplo, después de 1640, cuando Portugal recuperó su independencia de España, sus banderas eran blancas con las armas reales. En 1816 se agregó un símbolo para Brasil, la esfera armilar, detrás del escudo. La esfera armilar fue utilizada como instrumento de navegación por reyes portugueses anteriores que habían patrocinado viajes mundiales de exploración y asentamiento en los siglos XV y XVI. Aunque ese símbolo fue abandonado en la década de 1820, cuando Brasil se independizó, fue revivido el 30 de junio de 1911, después de la revolución de octubre de 1910 que derrocó a la monarquía e hizo de Portugal una república. Al mismo tiempo, el verde y el rojo reemplazaron las franjas de fondo azul y blanco de la bandera, en uso desde 1830. El rojo era el color de la bandera revolucionaria, y se agregó el verde para que la nueva bandera nacional no se confundiera con la antigua realeza. estándar, que tenía un fondo rojo liso. El verde y el rojo también se habían presentado en muchas de las primeras banderas portuguesas, como las de la Orden de Cristo y las que muestran las cruces de Avis.