El nacimiento del tricolor estonio está relacionado con la creciente autosuficiencia de los estonios en el siglo XIX: la bandera nacional tiene la misma edad que la historia política de su pueblo. El proceso concluyó con la bandera que fue declarada el símbolo oficial del estado por el Gobierno provisional de Estonia el 21 de noviembre de 1918.

El tricolor estonio nació en el ambiente académico y nacional-romántico de la Universidad de Tartu durante el último cuarto del siglo XIX. La bandera azul, blanca y negra fue consagrada por los miembros de la Sociedad de Estudiantes de Estonia en Otepää el 4 de junio de 1884.

Hay varias interpretaciones de los colores nacionales. Según el más popular, el azul representa el reflejo del cielo en los lagos y el mar, simbolizando la resistencia: «hasta que duren los cielos»; negro representa el abrigo negro de un hombre estonio o la tierra que alimenta a su gente; el blanco marca una aspiración hacia la luz y la pureza.

Durante la ocupación soviética, hasta fines de la década de 1980, las autoridades prohibieron el uso de la combinación de colores azul-negro-blanco en cualquier forma.

Los colores, sin embargo, vivieron en el mundo libre. A principios del otoño de 1944, muchos estonios abandonaron su país para escapar de la persecución y la deportación, y establecieron grandes comunidades de exiliados en Suecia, Canadá, Estados Unidos y Australia. Los expatriados mantuvieron el tricolor y otros símbolos nacionales y promovieron su uso en cada oportunidad.

El regreso de los colores nacionales a fines de la década de 1980, durante el colapso de la Unión Soviética, fue cauteloso pero espontáneo. La Revolución del canto, que comenzó en serio en 1988, trajo también la bandera azul-negra-blanca nuevamente al dominio público, y una vez más fue izada en la cima de la torre Tall Hermann el 24 de febrero de 1989.